درگیری مهرداد محمدی با سرمربی استقلال تکذیب شد.بعد از پایان بازی هوادار – استقلال گفته شد که مهرداد محمدی به دلیل نیمکت نشینی و عدم حضور در این بازی با جواد نکونام بحث کرده است.

درگیری مهرداد محمدی با جواد نکونام به دلیل نیمکت نشینی این بازیکن تکذیب شد.

اما بررسی ها نشان داده است که چنین موردی صورت نگرفته است.جواد نکونام هم چنین در پایان بازی از تک تک بازیکنانش به خاطر تلاش فراوانی که برای اعتلای تیم داشتند، تشکر کرد و ابراز امیدواری کرد، همه آنها در ادامه مسیر با همه توان برای استقلال از جان مایه بگذارند. جواد نکونام خطاب به شاگردانش گفت: شما بهترین بازیکنان ایران هستید.

مهرداد محمدی هر گونه درگیری با جواد نکونام را تکذیب کرد و گفت: استقلال در صدر جدول است و دوست دارند برای استقلال حاشیه درست کنند.رابطه این بازیکن با نکونام بسیار خوب است و با وجود نیمکت نشینی او با انگیره تمرین می کند.

مهرداد محمدی در هفته‌های ابتدایی یکی از بازیکنان کلیدی استقلال در خط حمله بود اما بعد از اضافه شدن جلال الدین ماشاریپوف به ترکیب تیم به نیمکت منتقل شد.